Caravaggio compie i tre atti dell'arte alchemica in tre cicli di sei anni.

Dal 1592 al 1598 realizza le opere dell'Arte Nigrescente ed evolve la percezione critica in percezione discriminante (la canestra di frutta) a cui corrisponde  la  prima manifestazione della volontà di evolvere la "materia" (coscienza degli istinti) in consapevolezza di relazione (l'animus dell'ermafrodito) rappresentata simbolicamente nel "fanciullo con il canestro di frutta".

In questo primo periodo realizza le opere che testimoniano l'evoluzione della critica della realtà e, non meno importanti e significative,  le opere che descrivono  la manifestazione dell'energia psichica all'interno del corpo del mistico (San Francesco), della donna (Maddalena penitente), del fanciullo morso da un ramarro (il morso) e infine nel corpo di Bacchino malato, simbolo della coscienza sensoriale che non è più in grado di recepire  le frequenze dell'eros e della bellezza.  

Parallelamente sviluppa la conoscenza della trasformazione dell'identità spirituale concepita dai filosofi rinascimentali:

1. L'ermafrodito (fanciullo con canestra di frutta)

2. L'androgino (il suonatore di liuto)

3. il Rebis (concerto)

4. Il Sè testimone  (Riposo durante la fuga in Egitto)

L'alchimia della percezione critica, razionale e cognitiva (Incredulità di S. Tommaso) in comprensione intuitiva delle efferatezze sociali (la ferita di Cristo) provocate dall'esercizio 'politico' della libido,  produce l'effetto di convertire l'anima sensoriale (la conversione di Maddalena) a riflettere sul significato spirituale dei sentimenti corporei che sono all'origine dell'alchimia della coscienza razionale (San Matteo) nella  coscienza sensoriale (Bacco) che può condurre, dopo un certo tempo di "macerazione", a comprendere  il significato simbolico delle immagini.

Tra il 1598 e il 1604, anno in cui realizza la deposizione di Cristo,  Caravaggio porta a compimento il ciclo dell'Arte Rubescente caratterizzata dalla trasmutazione della coscienza creativa (San Giovannino) in comprensione cognitiva (Giovanni Battista)  delle vicende narrate dalla bibbia e dal vangelo. Per gli artisti Giovanni Battista è il "protagonista allegorico" della Kenosis descritta da San Paolo, poichè in 18 anni (dai 3 anni quando gioca con il cugino Gesù fino ai 21) realizza il "denudamento" dell'io dai condizionamenti sociali, culturali, religiosi e spirituali divenendo di fatto il precursore della "coscienza transpersonale" realizzata dal Cristo (Opera al Bianco) 

Nella seconda fase dell'Arte Rubescente, Caravaggio interpreta le vicende dei santi, dei martiri, degli apostoli e degli evangelisti alla luce del processo di dis-identificazione con l'ego dell'anima (Santa Caterina) e di  de-condizionamento dalle sovrastrutture dogmatiche (S. Pietro), religiose (S. Paolo) e culturali (S. Matteo) che costringono l'anima a cadere vittima della percezione (libido) altrui (Medusa).

La Kenosis caravaggesca (distacco della coscienza dai condizionamenti cultrurali e spirituali) giunge a compimento quando celebra in alcuni dipinti la morte per "soffocamento" della libido affermativa (Golia) e afferma il "diritto" dell'anima di oltrepassare le convenzioni "morali" pur di decapitare gli artefici dell'0rrore (Giuditta e Oloferne). Negli stessi anni dipinge/intuisce il ciclo di trasformazione dell'intelligenza di relazione (Narciso) in consapevolezza ,comprensione e conoscenza di relazione (la prima cena di Emmaus del 1601).

Tra il 1602 e il 1604 l'artista realizza le opere della transizione dall'arte rubescente a quella albescente. E' la fase dell'apprendimento dei principi della filosofia della percezione (San Matteo e l'angelo), dei "principi spirituali" che si "oppongono" al dilagare della libido (La cattura di Cristo) e dei fondamenti dell'identità umana e spirituale che emergono all'indomani di ogni tragedia e crocifissione (la Deposizione). La trasformazione della pulsione creativa (eros) in pulsione cognitiva (Amor) definisce il momento in cui l'anima diventa capace di interpretare la "musica delle sfere", metafora dell'unione delle facoltà intuitive (percezione) con quelle dell'immaginazione (coscenza) e dell'ispirazione (spirito santo).

Tra il 1604, anno in cui dipinge la  "Morte della vergine", e il 1610, anno in cui conclude la sua parabola artistica e muore, l'artista elabora il percorso di conoscenza (arte albescente) che conduce alla dissoluzione dell'ego della mente sensoriale attuata attraverso la cancellazione del punto di vista personale (Golia), la meditazione simbolica  (S. Francesco in preghiera e poi in meditazione) e alla definitiva "morte" della libido spirtuale (la decapitazione di Giovanni Battista) che segna l'inizio del "regressum ad uterum".

Le opere della Passione (Incoronazione e Flagellazione) introducono il tema della libido umana universale, rappresentata simbolicamente dalla presenza di tre carnefici. Nell'Albedo della conoscenza alchemica, la percezione cognitiva della natura umana si traduce in conoscenza simbolica  degli effetti devastanti prodotti dalla libido sul tessuto "umano" e "sociale". Alla libido non può che opporsi l'Amore (Madonna dei pellegrini) e la Coscienza dell'Anima (Madonna dei Palafranieri). 

Nel terzo atto dell'albedo (fissazione), Caravaggio dipinge i simboli della definitiva trasmutazione della percezione cognitiva in conoscenza simbolica delle Sacre scritture (S. Gerolamo) e  il definitivo congedo dell'ego spirituale dai suoi discepoli (La Cena di Emmaus). Le parole non sono più necessarie per trasmettere i "principi dell'Arte", poichè la rinuncia a creare "proseliti"  espande il potere dell'anima (la Madonna del Rosario) di "trasmettere" l'amore, la compassione e le virtù spirituali del Cristo tramite l'aura "apprehensio" generata dalle sue stesse opere. Per la terza volta l'artista dipinge la "decapitazione" dell'intelletto prima razionale, poi sensoriale e infine intuitivo (Davide con la testa di Golia) e ribadisce di aver concluso la propria personale e irripetibile "Opera al Nero".

In tutte e tre le fasi dell'Arte Alchemica, Caravaggio è stato fedele all'istinto creativo (il furor di Michelangelo), peculiare degli artisti ispirati dalle emozioni che emergono dal subconscio, "fondo psichico" in cui l'umore melanconico (il sè fisico) evolve in carattere creativo (il sè creativo) e infine temperamento spirituale (il sè cognitivo).

Per la filosofia alchemica l'umore dell'artista determina le qualità della sua opera e delal sua vita. Senza dubbio l'umore "collerico" di Caravaggio influenzò la sua "vocazione creativa" e il suo "destino artistico".

Per 18 anni Caravaggio sperimenta la Via umida della trasformazione delll'energia psichica femminile e conclude i tre gradi dell'Opera al Nero: la nigredo dell'anima/animus (Seppellimento di Santa Lucia),  la nigredo della coscienza/spiritus (la negazione di San Pietro) e dell'identità/intellectus (Resurrezione di Lazzaro).  Significativo che nell'ultima opera l'artista dipinga se stesso mentre sorregge il corpo di sant'Orsola, la santa che decide di sacrificare se stessa pur di non cedere ai ricatti della  libido.  Caravaggio è consapevole di essere diventato l'Animus (consapevolezza, comprensione e conoscenza di relazione)  e di poter "sostenere" qualsiasi

prova che l'Anima (consapevolezza, coscienza e conoscienza di sè) decida di affrontare, fino alla prova alchemica più estrema: il sacrificio di sè. 

L'Arte alchemica è di fatto un sentiero spirituale di trasformazione dell'energia creativa in coscienza e conoscenza del "cuore". Non è possibile una mediazione intellettuale poiché l'artista opera attraverso il se istintuale (nigredine), il se razionale (rubedine) e il se intuitivo (albedine), prima di rivelare dentro di sé la stupefacente capacità del "cuore" (il Sè principiale) di creare realtà, verità e bellezza.

Al termine dell'Arte alchemica avviene una "Trasfigurazione", ovvero il passaggio a un diverso stato di coscienza in cui l'atto di creare immagini diventa contemporaneamente un atto di conoscenza dei contenuti simbolici che segnano ogni stadio di trasformazione.

Nulla viene fatto a caso. Tutto avviene, come nei sogni, secondo una logica evolutiva che trascende la volontà individuale. Avere fede nel proprio Se (istinto di evolevere/temperamento spirituale) significa in definitiva ascoltare la propria percezione (a conclusione dell'arte nigrescente), credere nelle propria intuizione (al termine dell'arte rubescente) e aspettare con fiducia trascendente che il se intuitivo si colleghi con la "fonte dell'ispirazione trascendente" per generare, senza limiti di immaginazione, le opere 'fecondate' dallo "Spirito del Tempo"  nel cuore creativo (arte albescente) illuminato dal se principiale